Przebieg terapii. Pierwszą wizytę kwalifikacyjną Pacjent rozpoczyna z psychologiem, który zapoznaje go z istotą metody i przebiegiem terapii. Kluczowym punktem pierwszej wizyty jest specjalistyczne badanie diagnostyczne. Określa ono odchylenia lub nieprawidłowości w zakresie ośrodkowego przetwarzania sygnałów spostrzeżeniowych. Na podstawie wyniku, opracowany jest plan terapii. Określa on częstotliwość treningów, oraz długość trwania terapii.
Terapia metodą Warnkego jest złożona z dwóch etapów. Celem pierwszego jest usunięcie nieprawidłowości w zakresie funkcji podstawowych. Ten etap terapii odbywa się dwutorowo – praca z terapeutą w gabinecie oraz indywidualne treningi w domu. Do drugiego etapu przechodzi Pacjent w chwili osiągnięcia założonych celów. Na tym etapie dążymy do ich utrwalenia oraz usprawnienia komunikacji międzypółkulowej. Wówczas proces terapii przebiega wyłącznie na spotkaniach z terapeutą. Pod koniec trwania terapii odbywa się konsultacja, podsumowująca uzyskane efekty oraz ewentualne dalsze zalecenia terapeutyczne.